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 枯草芽孢杆菌在农业上的应用效果不错，主要体现在它的杀菌和抑菌的机理。植物得病往往都是真菌性的病害、霉菌性的病害。植物细胞往往会受到霉菌的侵染，在植物上往往有很多寄生性的霉菌，霉菌的菌丝在生长过程当中，会在植物细胞里生长。枯草芽孢杆菌在生长的过程当中，产生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对肠道内的致病菌、霉菌有很好的抑制作用，所以普遍应用到预防畜禽肠